La segunda temporada consta de 22 episodios. Comienza ocho horas después de la fuga de prisión y se centra principalmente en la supervivencia de los fugitivos. Un nuevo personaje importante se introduce esta temporada: el agente del FBI, Alexander Mahone, a quien se le asigna el trabajo de capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos recorren todo el país para no ser encontrados por la policía. Cada uno tiene sus metas individuales, sin embargo, varios coinciden en Utah, donde hay 5 millones de dólares enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o "D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). El argumento secundario de esta temporada es el interés de La Compañía por localizar y eliminar a Lincoln Burrows y a los demás fugitivos.